2019年11月現在、日本で利用可能な決済プラグインをご紹介させていただきます。表示の順番等は出来るだけ公平を期すように致しますが、大人の事情で若干のバランスが異なる部分がございますので、詳細はご自身でご確認頂きまして、ご判断頂ますよう、よろしくお願いいたします。
国際的に利用されている決済
まずは、WooCommerceの本家、automatticとしっかりと連携している決済方法の3つを紹介します。つまり、本家が推奨しているということは、プラグインのアップデートサポートもしっかりと成されていると考えて良いと思います。
PayPal決済
日本ではまだまだアカウントを持っているお客様は多いとは言えませんが、増えている傾向はあります。また、国際的（特に英語圏）にはかなりのユーザー数がいます。
国際的にアカウントが多いその理由は、PayPal間で送金が出来るからです。銀行振込的なことをPayPal間で出来、PayPalアカウントにある残高から商品購入などに使うことが出来るからです。
日本は個人間送金が2018年まで出来ませんでしたが、今は銀行数が6つですが可能になっています。
お客様目線でのペイパルの説明は以下のページにありますので、参考にご覧ください。
WooCommerce の決済機能でPayPalを使う場合は、ビジネスアカウントへのお申込みが必要です。その上で、WooCommerceに標準で入っている「スタンダードチェックアウト」（リンク型）を利用するか、Japanized for WooCommerceに同梱されている「エクスプレスチェックアウト」（ポップアップ型）を利用されるかとなります。
ペイパルビジネスアカウントへのお申し込みはこちらとなります。
Japanized for WooCommerceプラグインはこちら
stripe 決済
日本独自決済に強い決済
現在工事中。